1644 年，吳三桂引領清兵入關，明政權就此被顛覆。延平郡王鄭成功堅守福建，矢誌抗清複明。
在 1661 年，鄭成功於台灣創立 “金台山”“明遠堂”“漢馨香”“挽瀾水”，他與大臣將帥結為異姓兄弟，部卒也同時宣誓，此乃洪門開山立堂之開端。
洪門的秘密口號為 “明大複興一”，蘊含著 “一心複大明” 的深意。以明太祖朱元璋的年號 “洪武” 作為標記，並將 “洪英” 尊為洪門開山祖師，暗暗寓意著 “洪武門下英雄輩出”。鄭成功創立洪門具有雙重意義：其一為大明複興；其二為尊王攘清。
由於自開山立堂伊始，洪門就被清朝視作大逆不道之舉，一旦被查出便會麵臨 “抄家滅族” 的厄運。洪門在城市中難以立足開展活動，隻得占據山頭，構築山寨，招兵買馬，靜候時機起事。
洪門崇尚仁義、五倫八德，開山立堂效仿古人，點燃三把半香：以羊角哀與左伯桃的故事為一把香，劉關張桃園結義為一把香，梁山一百零八將為一把香；賈柳店結義後在瓦崗立寨的三十六友中，單雄信因不投唐而被殺，僅有秦叔寶一人前往法場哭祭送別，其他三十四位好友卻視而不見、無動於衷，故而隻能算作半把香。
洪門組織成員以弟兄相互稱呼，正所謂 “大哥不大，幺滿不小”，極為講求平等。兄弟之間賞罰分明，有功當賞，有過必罰。
刑堂掌管刑罰，罰跪被稱作 “矮起”，罰笞責稱為 “背花”；死刑分為三刀六眼，由紅旗大管事執行。在受刑者的心、腹、小腹各刺一刀，且必須穿透，因而得名三刀六眼。行刑之時，受刑者先鋪上紅氈，袒露上身站立於紅氈中央，不能怯懦怕死，此謂 “做得就受得”。受刑者被殺死後，用紅氈裹屍掩埋，並立下碑記，此乃表示人死仇散，不失禮節義氣。
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