洪門自鄭成功開金台山、立明遠堂以來，始終高舉反清複明的大旗，洪門弟兄前仆後繼地從事反清事業。號稱「五祖」（又名少林五祖）的蔡德忠、方大洪、馬超興、胡德帝、李式開，在康熙13年紅花亭起義失敗後，商議分散各地、各自發展，成立五個祖堂擴充與保留抗清的實力，並且留下一首詩，作為未來兄弟相任的暗語：「五人分開一首詩、身上洪英無人知、此事傳與眾兄弟、後來相會團圓時」。

談起洪門，由於成員間許多特殊的手勢與儀式，讓外界一直對這個藏在神秘麵紗後麵的組織，有著許多不切實際的幻想。事實上，拜關公、鄭成功的洪門，與青幫、白蓮教都是當時反清複明的組織，號稱江湖上三大社團，也就是俗稱的「紅花、綠葉、白蓮藕」。

長房

「彪」字旗，稱一九梯，旗黑色，記前祖蔡德忠，在福建、甘肅一代發展，為「江彪」字號，台灣的洪門也屬於這支，名青蓮堂、鳳凰郡，又「天地會」。留詩正是：「福建烏旗第一枝、甘肅起義始開基、彪字金蘭傳四海、一九江山誰敢欺」。

二房

「(虎壽)」字旗，稱十二梯，旗紅色，記前祖方大洪，在廣東、廣西發展，為「洪(虎壽)」字號，名洪順堂、金蘭郡，又稱為「三合會」，在兩廣一帶勢力極大，在美國也極有名號。留詩正是：「廣東紅旗第二枝、高溪分開兩胡時、壽字根基成四九、四九變化自相依」。

三房

「(虎合)」字旗，稱九梯，旗赤色，記前祖胡德帝，在四川、雲南發展，為「泊(虎合)」字號，名家後堂、蓮章郡，又稱為「袍哥」。留詩正是：「雲南赤旗第三枝、四川起義滅胡兒、合成洪字為暗記、君臣自有太平時」。

四房

「(虎和)」字旗，稱二九梯，旗白色，記前祖馬超興，在湖南、湖北發展，為「淇(虎和)」字號，名參太堂、錦廂郡，又稱為「哥老會」。留詩正是：「湖廣白旗第四枝，江南貴州共此旗，和字結拜來起義，恢複江山主登基」。

五房

「(虎同)」字旗，稱四七梯，旗綠色，記前祖李式開，在浙江一帶發展，為「溙(虎同)」字號，名宏化堂、徳興郡，又稱為「小刀會」。留詩正是：「浙江綠旗第五枝，山東兄弟暗扶持、同祭此旗來起義，複轉明朝團圓時」。

由於洪門昆仲是不限任何宗教、黨派、地位、地域，隻要符合具有忠義精神的規定都可加入，因此洪門擴及的層麵相當廣泛，上至達官貴人，下至販夫走卒，都可能是洪門昆仲，因此這五個由洪門五祖所創的祖堂，除了五祖當時為了彼此相認時所傳下的一首詩以外，五個祖堂各自都發展出獨特的秘密手勢、暗語，藉此作為昆仲之間相認的標誌。

滿洲清國入侵中國時期，全國各個力量都在抵抗。

以廈門為基地的民族英雄鄭成功，看到抵抗力量不斷消亡，於是在努力的想延續革命力量的辦法。明朝，尤其是晚明，社會上流行結社，以上層的知識分子為主。鄭成功受到啟發，建立結社。但他的結社以抗清的革命力量為主，並非以知識分子為主。而且結社是在滿洲人眼皮低下進行，所以完全是秘密的。滿洲清國占領了中國，使漢人失去了中國領土，取繁體的“漢”字失去其中的“土”，就是“洪”字。因此，建立了洪門。

洪門是中國最大的抗清力量，一直存在到辛亥革命，他的若幹分支遍布全國乃至海外。有的分支對辛亥革命幫助很大，例如致公堂，後來改為致公黨。

滿洲清國也知道洪門對他們威脅很大，於是對其分化瓦解，把洪門的叛徒組成“青幫”。青幫長期被人民不齒，但由於滿洲清國政府的扶植，勢力也不小。

辛亥革命後，國內的洪幫達到了革命目的，青幫也失去了滿洲清國的扶植，於是都衰弱了，在大部分地區消失了，在某些地方，也以公開手段進行活動，基本不是黑社會了。