1644 年，吴三桂引领清兵入关，明政权就此被颠覆。延平郡王郑成功坚守福建，矢志抗清复明。
在 1661 年，郑成功于台湾创立 “金台山”“明远堂”“汉馨香”“挽澜水”，他与大臣将帅结为异姓兄弟，部卒也同时宣誓，此乃洪门开山立堂之开端。
洪门的秘密口号为 “明大复兴一”，蕴含着 “一心复大明” 的深意。以明太祖朱元璋的年号 “洪武” 作为标记，并将 “洪英” 尊为洪门开山祖师，暗暗寓意着 “洪武门下英雄辈出”。郑成功创立洪门具有双重意义：其一为大明复兴；其二为尊王攘清。
由于自开山立堂伊始，洪门就被清朝视作大逆不道之举，一旦被查出便会面临 “抄家灭族” 的厄运。洪门在城市中难以立足开展活动，只得占据山头，构筑山寨，招兵买马，静候时机起事。
洪门崇尚仁义、五伦八德，开山立堂效仿古人，点燃三把半香：以羊角哀与左伯桃的故事为一把香，刘关张桃园结义为一把香，梁山一百零八将为一把香；贾柳店结义后在瓦岗立寨的三十六友中，单雄信因不投唐而被杀，仅有秦叔宝一人前往法场哭祭送别，其他三十四位好友却视而不见、无动于衷，故而只能算作半把香。
洪门组织成员以弟兄相互称呼，正所谓 “大哥不大，幺满不小”，极为讲求平等。兄弟之间赏罚分明，有功当赏，有过必罚。
刑堂掌管刑罚，罚跪被称作 “矮起”，罚笞责称为 “背花”；死刑分为三刀六眼，由红旗大管事执行。在受刑者的心、腹、小腹各刺一刀，且必须穿透，因而得名三刀六眼。行刑之时，受刑者先铺上红毡，袒露上身站立于红毡中央，不能怯懦怕死，此谓 “做得就受得”。受刑者被杀死后，用红毡裹尸掩埋，并立下碑记，此乃表示人死仇散，不失礼节义气。
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