洪门自郑成功开金台山、立明远堂以来，始终高举反清复明的大旗，洪门弟兄前仆后继地从事反清事业。号称「五祖」（又名少林五祖）的蔡德忠、方大洪、马超兴、胡德帝、李式开，在康熙13年红花亭起义失败后，商议分散各地、各自发展，成立五个祖堂扩充与保留抗清的实力，并且留下一首诗，作为未来兄弟相任的暗语：「五人分开一首诗、身上洪英无人知、此事传与众兄弟、后来相会团圆时」。
谈起洪门，由于成员间许多特殊的手势与仪式，让外界一直对这个藏在神秘面纱后面的组织，有着许多不切实际的幻想。事实上，拜关公、郑成功的洪门，与青帮、白莲教都是当时反清复明的组织，号称江湖上三大社团，也就是俗称的「红花、绿叶、白莲藕」。
长房
「彪」字旗，称一九梯，旗黑色，记前祖蔡德忠，在福建、甘肃一代发展，为「江彪」字号，台湾的洪门也属于这支，名青莲堂、凤凰郡，又「天地会」。留诗正是：「福建乌旗第一枝、甘肃起义始开基、彪字金兰传四海、一九江山谁敢欺」。
二房
「(虎寿)」字旗，称十二梯，旗红色，记前祖方大洪，在广东、广西发展，为「洪(虎寿)」字号，名洪顺堂、金兰郡，又称为「三合会」，在两广一带势力极大，在美国也极有名号。留诗正是：「广东红旗第二枝、高溪分开两胡时、寿字根基成四九、四九变化自相依」。
三房
「(虎合)」字旗，称九梯，旗赤色，记前祖胡德帝，在四川、云南发展，为「泊(虎合)」字号，名家后堂、莲章郡，又称为「袍哥」。留诗正是：「云南赤旗第三枝、四川起义灭胡儿、合成洪字为暗记、君臣自有太平时」。
四房
「(虎和)」字旗，称二九梯，旗白色，记前祖马超兴，在湖南、湖北发展，为「淇(虎和)」字号，名参太堂、锦厢郡，又称为「哥老会」。留诗正是：「湖广白旗第四枝，江南贵州共此旗，和字结拜来起义，恢复江山主登基」。
五房
「(虎同)」字旗，称四七梯，旗绿色，记前祖李式开，在浙江一带发展，为「溙(虎同)」字号，名宏化堂、徳兴郡，又称为「小刀会」。留诗正是：「浙江绿旗第五枝，山东兄弟暗扶持、同祭此旗来起义，复转明朝团圆时」。
由于洪门昆仲是不限任何宗教、党派、地位、地域，只要符合具有忠义精神的规定都可加入，因此洪门扩及的层面相当广泛，上至达官贵人，下至贩夫走卒，都可能是洪门昆仲，因此这五个由洪门五祖所创的祖堂，除了五祖当时为了彼此相认时所传下的一首诗以外，五个祖堂各自都发展出独特的秘密手势、暗语，藉此作为昆仲之间相认的标志。
满洲清国入侵中国时期，全国各个力量都在抵抗。
以厦门为基地的民族英雄郑成功，看到抵抗力量不断消亡，于是在努力的想延续革命力量的办法。明朝，尤其是晚明，社会上流行结社，以上层的知识分子为主。郑成功受到启发，建立结社。但他的结社以抗清的革命力量为主，并非以知识分子为主。而且结社是在满洲人眼皮低下进行，所以完全是秘密的。满洲清国占领了中国，使汉人失去了中国领土，取繁体的“汉”字失去其中的“土”，就是“洪”字。因此，建立了洪门。
洪门是中国最大的抗清力量，一直存在到辛亥革命，他的若干分支遍布全国乃至海外。有的分支对辛亥革命帮助很大，例如致公堂，后来改为致公党。
满洲清国也知道洪门对他们威胁很大，于是对其分化瓦解，把洪门的叛徒组成“青帮”。青帮长期被人民不齿，但由于满洲清国政府的扶植，势力也不小。
辛亥革命后，国内的洪帮达到了革命目的，青帮也失去了满洲清国的扶植，于是都衰弱了，在大部分地区消失了，在某些地方，也以公开手段进行活动，基本不是黑社会了。
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